宇宙に進出した人類が築いた月面基地。そこで謎の爆発が起きる。爆発から逃れるため、1人の男がアタッシュケースを持ち、宇宙船に向かう。しかし、ケースを取り戻す為に追ってきた男に阻まれ、争いの末、最初からケースを持っていた男が、宇宙船で月面を飛び立つ。月面に取り残された男は「ケンゴ」と呟き、基地の爆発に飲まれていった。それから17年後（西暦2011年）、天ノ川学園高校に転校生がやってきた。リーゼントに短ランという往年のツッパリスタイルで教室に入ってきた如月弦太朗は「この学校の生徒全員と友達になる」と宣言する。彼の言葉に困惑し、呆れる生徒達をよそに、幼なじみの城島ユウキは彼との再会を喜び、同じくクラスメイトで登校中に彼と一悶着起こしていた歌星賢吾は嫌悪感を隠さずにいた。一方、学園のルールを知らない弦太朗は、学園ヒエラルキーの頂点に立つ、アメフト部部長の大文字隼とチア部部長の風城美羽に目をつけられてしまうなど、登校初日から様々なトラブルに遭遇してしまう。そんな中、弦太朗の前に突如ゾディアーツと呼ばれる怪物が現れる。弦太朗は勇猛果敢に立ち向かうが、敵うはずもなく、賢吾が操縦するパワーダイザーの援護もあってその場を切り抜ける。本格的に活動を始めたゾディアーツと戦うため、賢吾はフォーゼドライバーを装着しようとするが、元来の病弱体質が祟り、ユウキに止められる。それを見かねた弦太朗は、賢吾からドライバーを奪い、彼に代わってフォーゼに変身する。ゾディアーツを退けた弦太朗は、戦いの一部始終を見ていた少女·野座間友子からネット上にある都市伝説の一つ「仮面ライダー」に似ていると言われ、仮面ライダーフォーゼと名乗るようになる。こうして学園生徒全員と友達になる目標を掲げた学園生活を送りながら、ユウキと共に仮面ライダー部を結成した。